Según la última evaluación de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO), existen varias amenazas importantes para la conservación de los distritos Panamá Viejo y Casco Antiguo. Estas amenazas incluyen el deterioro grave de los edificios históricos, los conflictos de intereses con respecto a su conservación, las deficiencias en el marco jurídico, las demoliciones de inmuebles urbanos, así como el desplazamiento forzado de la población. El informe también revela "intervenciones inadecuadas llevadas a cabo en algunos edificios históricos", y cita las grandes reformas en el Hotel Central, que "afectan significativamente a un edificio emblemático".

El artículo de Matt Landau en The Panamá Report señala el riesgo de que finalmente ambos distritos finalmente sean quitados de la lista de sitios declarados Patrimonio de la Humanidad, lo que necesariamente impactaría la dinámica del turismo que llega a esos lugares.

Por otro lado, son notorios los esfuerzos del gobierno panameño dedicados al mejoramiento de la infraestructura de la capital del país, lo que puede afectar en algunos casos la conservación de zonas de valor histórico. Se citan al respecto las palabras de María Eugenia Herrera, Directora General del Instituto Nacional de Cultura de Panamá (Inac): "la construcción del futuro de Panamá es tan importante como ofrecer los turistas y los panameños un legado de su pasado".